医患双方当事人在发生矛盾纠纷后，理论上有五条途径可供选择：当事人和解、医调委调解、向卫生行政部门申请行政处理、向人民法院提起诉讼，以及仲裁等法律、法规规定的其他途径。随着医调委的成立，卫生行政部门越来越倾向于引导纠纷当事人通过医调委调解化解纠纷，通过行政渠道处理的医患纠纷案件越来越少。而医患纠纷仲裁，实证数据表明，设立医患纠纷仲裁机构的地方，通过仲裁化解纠纷的案件也十分有限。以深圳为例，这个人口过千万（有研究称深圳实际管理的常住人口超过两千万）的特大城市，每年仲裁的医患纠纷大约只有一百起左右，且不少案件是医患双方通过医调委调解达成协议后，为确保调解协议的约束力而申请的仲裁确认。因此，各地目前医患纠纷处理的实际渠道，主要通过自行协商和解、医调委调解和法院诉讼三条途径。

在广东，《广东省医疗纠纷预防与处理办法》（粤府令第186号）颁布后，对于医疗纠纷赔付金额1万元以上的案件，该办法第29条禁止公立医疗机构与患者或者其近亲属自行协商处理。又由于许多医疗纠纷非死即伤，且随着赔偿标准的不断增高，能够适用自行协商解决办法的案件已经相对较少。在这种情况下，医疗纠纷主要通过医调委调解和法院诉讼途径处理。

然而，相对于调解，诉讼程序显然复杂得多。

首先，根据《民事诉讼法》，一般案件的一审审判程序包括起诉、受理、书面答辩、开庭审理、判决，开庭审理又包含了法庭调查、质证、辩论等多个环节，每一项均有严格的要求，包括时效、形式及相应的后果。如一方当事人不服一审判决的，案件还将进入二审程序。二审结束后，对少数案情复杂或争议较大，一方不服提起再审的，还将进入审判监督程序。因此，个别案件可能经历三个及以上的审判程序。如此繁杂的流程和程序，患方绝大多数当事人根本耗不起。

其次，相较于一般的民事诉讼案件，医患纠纷通常还需增加鉴定环节，鉴定过程同样需准备陈述、答辩、听证；对于鉴定有异议的，需要申请重新鉴定、鉴定人出庭等等。仅仅走完鉴定程序，患方当事人可能已经筋疲力尽。

除程序上的繁复，医患纠纷本身的专业性、需花费的时间，以及给医患双方带来的巨大经济及精神压力，都是一般民事纠纷难以比拟的。对于法院来说，医患纠纷案件的审理也是老大难的问题，在有些法院，医患纠纷案件占未决案件的90%以上。

  基于上述因素，医患纠纷除双方自行协商和解外，在实践中，纠纷当事人更倾向于通过调解解决，而法院也在积极探索诉前、诉中联调制度，尽量减少纠纷的久拖不决，减少诉累。这不仅减轻法院的工作量，更为关键是让当事人尽快从纠纷中解脱出来，尽快回归正常的工作与生活。